不可以，根据《中华人民共和国社会保险法》和《中华人民共和国企业所得税法》的规定，只有在劳动者与企业之间存在劳动关系，并且企业对该劳动者依照劳动合同向其缴纳薪金的情况下，劳动者才享受社会保险和企业所得税的待遇。因此，申请财政部项目基金的项目人员，企业自筹部分不能分配其五险两金。即使企业将项目人员工资放在专项基金里，但该基金也不能用于支付项目人员的五险两金。而项目人员有资格成为财政部项目基金的受益者，由财政部按照法定程序给予发放。拓展知识：五险两金（five insurances and two funds）是指，公司向职工缴纳的五项社会保险费（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险）和两项职工福利金（住房公积金和补充医疗保险）。