商业企业进货运费行政部门代付的记账方式，应是资产类科目进行相应的录入记账，发生金额会记入应付账款，行政部门代付货款记入应付账款，进货支出账户记入应付账款，发票收入账户记入现金。根据实际情况，应从政府资金结算表的应付账款账户、政府资金结算表的货物支出账户、政府资金结算表的发票收入账户、库存账户等科目记账。 拓展知识：账户记录按照会计准则等有关规定，记录企业收支状况，是确定企业资金状况和制定企业财务策略的重要依据，也是检查企业内部管理准则和效益的重要依据。