通行费电子普票可以进行勾选抵扣。根据《中华人民共和国道路运输条例》第五十九条，在道路运输经营活动中，经营者开具给客户的发票，均应当增值税专用发票。由于发票是一种税收凭证，可以在征税方面为纳税者提供有效的税收减免，故通行费电子普票可以进行勾选抵扣。 具体来说，首先，在勾选抵扣之前，运输企业要求客户提供本人的营业执照副本及税务登记证副本作为依据，以确定是否为正规纳税主体，并签署相关抵扣协议。其次，运输企业应在开具的发票上打勾标记，以明示出电子普票可以进行勾选抵扣。最后，运输企业在核销纳税凭证之前，应当做好准确抵扣的相关记账及申报工作。 总之，通行费电子普票可以进行勾选抵扣，其实现形式依据《中华人民共和国道路运输条例》，具体操作要求运输企业在客户提供营业执照副本及税务登记证副本的条件下，将发票上打勾标记，实行电子普票勾选抵扣。 拓展知识：电子普票发票的使用具有一定的限制，如发票的正确使用，勾稽关系的合理性控制，开具金额的控制，以及发票的有效性控制。为了确保电子普票发票的正确使用，运输企业应当严格按照相关规定有条不紊地履行记账及申报职责，避免出现税收逃漏的情形发生。