不能，根据《中华人民共和国公司法》第六十一条规定，只有特定类型的公司，如内资公司、外商投资企业和外资企业，才能成立在深圳设立公司。东莞新设立的公司不属于此类范围，故不能对深圳在运作的公司进行百分之百控股。此外，在注册公司时，公司法也规定了一些审核规则，包括公司资本金、公司法定代表人、公司类型等需要符合特定的条件才能够进行注册。因此，想要百分之百控股深圳运营的公司，东莞新设立的公司是无法完成的。 拓展知识： 对于想要投资深圳企业的公司，除了百分之百控股之外，还可以采取其他方式，例如投资企业股份、设立合资企业以及投资深圳企业的子公司。同时，也可以投资深圳的上市公司，通过买入股票的方式获得投资收益。最后，投资者也可以创建投资基金，以投资深圳企业为主。