是的，付工程款付给对方的农民工工资专户是可以的。为此，你需要准备相应的附件，包括工程设计图、农民工工资清单、印章等。这些文件可以通过银行业务窗口或者网上银行申请，由有关部门审核后，才能提交给银行开户。另外，在付款的时候，一定要提供细致的付款历史，详细的支付信息，以便通过审核。 在申请农民工工资专户的拓展知识上，需要注意的是，根据《农民工工资专户管理办法》，为农民工工资专户开立的单位，应当是具有独立法人资格的单位，其法定代表人应当有完备的法定代表人身份证明文件，并需要支付完整的工资、社会保险费款给建立农民工工资专户的单位。