我司海南A公司（拥有6个投资机构，一个自然人，一个合伙企业，四个科技公司，注册资本金101万）。海南A公司 100%控股北京子公司B（北京注册资本金500万）。企业所有员工都在北京公司B中，相关运营费用由海南A公司入资到北京B公司，海南记长期股权投资，北京记实收资本，现北京公司已收海南入资400万，即将超过北京注册基本500万，请问海南入资北京公司超过500万后的部分应如何处理比较好？