居民个人以计算机软件著作权投资的个人所得税有三种缴纳方式。一是在投资时一次性缴纳，以投资确认价值减去该计算机软件著作权的原值和合理税费后的差额确认为所得，按财产转让所得适用税率20%计算缴纳个人所得税；二是分期确认所得缴纳，以投资确认价值减去该计算机软件著作权的原值和合理税费后的差额确认为所得，合理确定分期缴纳计划报主管税务机关备案后，自发生投资行为之日起不超过5个公历年度内分期缴纳个人所得税；三是递延到股权转让时缴纳，经向主管税务机关备案，投资入股当期暂不纳税，递延到转让股权时，按股权转让收入减去该计算机软件著作权的原值和合理税费的差额计算缴纳个人所得税。无论居民个人采取何种方式缴纳个人所得税，均不影响所投资的软件企业对接受投资的计算机著作权计价和企业所得税处理，即以该计算机软件著作权投资入股的评估值作为其计税基础，按无形资产税前扣除规定在企业所得税税前摊销扣除。