公司中标医院急诊楼项目，合同价4050万。开工后开票、拨款941万。现甲方提出这笔钱是专项资金，必须在4月底全部从财政支付出来。对方要公司另开一专用监管账户，一次性开3109万结算发票，对方将钱转入监管账户，后期按节点申请拨款。因为钱要分期拨，但发票一次开出就要缴税，企业压力太重，所以想和对方谈，钱转入监管账户，发票按节点开具并拨款。老师，我要问的是：如果甲方同意这样操作，公司是否要因监管账户进账3109万要预缴增值税？