根据政策规定，纳税人选择差额纳税的，以取得的全部价款和价外费用，扣除代工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利和为其办理社会保险及住房公积金后的余额为销售额，按照简易计税方法依5%的征收率计算缴纳增值税。具体开票流程如下： 第一步，在发票填开界面点击左上角的“差额”按钮。 第二步，在弹出的“输入扣除额”窗口，输入扣除额，点击“确认”按钮。 第三步，在票面中录入购销方信息、商品名称、单价和数量，系统自动计算税额和金额。 第四步，打印发票；发票打印后备注栏将自动打印“差额征税”字样，“税率”栏自动打印“***”； 举例，企业收到劳务派遣收入100000元（不含税金额95238.09元，税额4761.90元），扣除代支付工资、五险一金合计90000元，差额开具发票显示价税合计100000万元，税额计算为：(100000-90000)/1.05*5%=476.19元。 注意事项： ① 系统不支持差额征税与正常开票(非差额征税)混开功能。 ② 差额征税的商品明细只能开具一行。 ③ 支持折扣功能，但要先录入扣除额再添加商品和折扣行。 ④ 税率为“减按1.5%计算”的商品不能差额征收。 具体增值税申报流程: 1、将差额扣除项目填入《增值税纳税申报表附列资料（三）》，劳务派遣公司适用5%征收率简易办法征收增值税，填列在第5栏。 ① 将差额扣除之前的本期服务、不动产和无形资产价税合计额100000填入“本期服务、不动产和无形资产价税合计额（免税销售额）”。 ② 将本期产生的差额扣除的支付工资、五险一金合计90000元填入2、3列中即是“本期发生额”“本期应扣除金额”，如上期无余额则本期实际扣除金额第五列也应填写90000元。 2、将本期销售情况填入《增值税纳税申报表附列资料（一）》 ① 将不含税金额95238.09元，税额4761.90元，填入9b的第1列，第二列自动生产，价税合计100000元。 ② 将90000元填入9b的第12列，系统将自动换算出13列含税（免税）销售额10000元，14列销项（应纳）税额476.19元。 3、返回至增值税纳税申报表，数据将自动传输至第五栏“（二）按简易办法计税销售额”9523.81元，第11栏“销项税额476.19元”，点击保存即可完成申报。 备注：选择按照5%征收率简易办法计税，取得的增值税专用发票对应进行税额不得抵扣！