你好，总公司与分公司之间签订的协议需要缴纳印花税。《国家税务总局关于企业集团部使用的有关凭证征收印花税问题的通知》(国税函[2009]9号)规定,对于企业集团具有平等法律地位的主体之间自愿订立、明确双方购销关系、据以供货和结算、具有合同性质的凭证,应按规定征收印花税。对于企业集团部执行计划使用的、不具有合同性质的凭证,不征收印花税。根据上述规定,总公司与分公司之间签订的具有合同性质的凭证,应当按规定缴纳印花税。