（1）核算对象不同。事业单位会计，是各级各类事业单位核算、反映、监督事业计划执行的会计。它不仅要核算预算资金的领取、创收、使用及执行结果，又要核算经营资金活动过程及其结果。而财政会计只核算预算资金的筹集、分配和执行结果。 　　（2）会计结账基础不同。事业单位会计核算内容，决定它的结账基础既采用“收付实现制”，又采用“权责发生制”。在同一个事业单位可同时采用两种会计结账基础。对非成本核算的单位的预算资金收付，采用收付实现制。对实行成本核算的单位，则采用权责发生制作为会计结账基础。 　　（3）会计核算内容不同。事业单位会计核算内容较财政会计更广，不仅要核算预算收支余超，用以考核事业单位预算资金使用效果，还要核算成本费用，计算收益，以考核实行成本核算或有项目成本费用核算单位在保证社会效益前提下，经营资金使用效益水平。 　　（4）会计科目设置、会计报表种类不同。事业单位会计科目设置，必须根据事业单位财务管理要求，满足会计核算需要，有利于加强事业单位管理。在会计科目设置上，既有预算资金收支科目，又有成本费用科目。事业单位会计报表有经营支出明细表、净资产变动情况表等，而财政会计报表中无此表