1、独立核算和非独立核算企业会计核算的两种形式，不属于税务机关的规定，并不是说独立核算就要在分公司主管税务机关纳税，非独立核算就不需要在分公司主管税务机关纳税。 独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。独立核算单位的特点是：在管理上有独立的组织形式，具有一定数量的资金，在当地银行开户；独立进行经营活动，能同其他单位订立经济合同；独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系。 非独立核算又称报帐制，是把本单位的业务经营活动有关的日常业务资料，逐日或定期报送上级单位，由上级单位进行核算。非独立核算单位的特点是：一般由上级拔给一定数额的周转金，从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销，本身不单独计算盈亏，只记录和计算几个主要指标，进行简易核算。 2、企业成立分公司，流转税一般在分公司所属税务机关申报交纳，所得税在总公司汇算清缴，与分公司独立核算和非独立核算无关。分公司应建账，以便于进行纳税申报；分公司先编制报表交总公司汇总进行报表的编制。 3、如果分公司不单独建账，则需要总公司在所建账中，按不同的分公司进行内部核算。 4、分公司如果单独建账，发生的费用取得发票名称应为分公司，如果分公司不单独建账，发生费用取得的发票名称应为总公司。 5、工资和社保可以在总公司直接支付，也可在分公司，个税的代扣主要看工资由谁来发放。 6、如果工资在异地分公司发放，则需要在分公司所在地缴纳社保。同时因为分公司一般需要在所在地缴纳增值税及附加，所以，一般情况下分公司都需要开立银行账户，否则无法进行纳税申报。