公司将自种花卉苗木用于自己的绿化工程，涉及到购进花卉苗木种苗时的进项税额抵扣问题，如果购进种苗用于花卉苗木种植，之后对外销售，因属于用于免税项目的购进货物，其进项税额不得抵扣，所以无论取得普通发票还是专用发票，均不得抵扣。如果花卉苗木用于绿化工程，属于用于应税项目，种苗的进项税额可以抵扣，且不得自开免税发票计算抵扣。 将自种花卉苗木用于绿化工程，允许抵扣的进项税额较少，可以通过重构业务流程进行筹划，增加可抵扣的进项税额。