分公司与总公司合并报税，增值税和所得税都要独立申报，如果没有，增值税由开票人申报（即如果发票上开票人是总公司，就由总公司申报），所得税要看分公司是否独立核算，如果独立核算，由分公司申报，如果不独立核算，由总公司汇总申报。 分公司与总公司合并报税如何处理？ 同时，税务机关审核提出合并申报申请的企业是否为非独立核算分支机构，审核被合并申报企业是否存在于进行合并申报企业的分支机构名单中，检查其分支机构与总机构的核算方式，账务往来，账簿设立情况是否符合查账征收合并申报的要求。 值得一提的是，还有一种情况：简单来说，跨地区经营汇总纳税就是总公司与所有分公司统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算整个企业的企业所得税。