税务局对农民专业合作社一般都是按小规模的单位对待，执行小企业会计制度。工商税务已经同人民银行个人信用征信系统联网，2015年6月1日开始，专业合作社注册后不报税，不注销，专业合作社就会有信用污点，如：不能贷款买房;不能办移民;不能领养老保险;专业合作社会每年被税务局罚款2000至1万元;有欠税，法人会被阻止出境;搭不了飞机和高铁;不申报税收，发票会被锁机;工商信用网进经营异常名录，所有对外申办业务全部限制，如银行开户、进驻商城等。下面介绍一下如何报税： 一、地税报税流程 以山东省莒南县为例，于2016年10月8日上线运行金税三期优化版征管系统。 首次使用可以下载“电子办税服务厅一键设置工具”，安装时注意关闭所有浏览器。如果已下载一键设置初始面页面仍提示重新下载，可以添加信任域，打开浏览器选择工具—Internet选项—安全—可信站点—站点，输入地址wsbs.sdds.gov.cn，点击添加，去掉“对该区域内的所有站点要求服务器验证”的勾选状态，点击关闭—应用—确定，重启浏览器即可。初始化设置完成后，可以进入网上办税平台输入账号和密码，新用户先用税号注册。 登录山东省地方税务局外网，点击主页面中部的“资料下载”，在“个人所得税资料”栏目下载学习资料和安装软件。安装完毕后，点击“立即体验”按钮，输入纳税识别号，获取办税信息、备案办税人员信息，设置登录密码。 点击主页面左侧“报表填写”功能，然后点击平台页面有“未申报”的报表填写申报表。一般填写《城建税、教育费附加、地方教育附加税(费)申报表》、《扣缴个人所得税申报表》、《印花税纳税申报表》，通过添加或导入模板方式，填写收入额、扣除额及减除额等信息，自动计算出税款。根据纳税实际情况添加所填申报表。为节约时间，可以先向政务大厅办税人员申请《扣缴个人所得税申报表》和《印花税纳税申报表》为季度申请表，每季度下月15日前申报一次，《城建税、教育费附加、地方教育附加税(费)申报表》每月15日前必须申报，遇法定节假日相应顺延。 二、国税报税流程 每年年初向政务大厅国税局窗口交合作社项目和申请书申请所得税减免，可以申请季报，以减少报税次数。每季度后一月15日前登录山东省国家税务局门户网站，完成财务报表申报后，打开增值税申报模块填写《增值税纳税申报表》(适用于增值税小规模纳税人)(季度)、报《不征税收入和税基类减免应纳税所得额明细表》、《资产负债表》、《现金流量表月报》、《企业所得税季度预缴纳税申报表》(A类，2015年版)、《增减免所得税额明细表》、《利润表月报》，填好表保存，风险审核后确认申报。 稍后再次登录平台可查看申报状态，首页显示“申报成功”即表示完成了本期申报。每年5月申报上一年度合作社所得税年度申报，登录办税平台后先填写财务报表，保存后点击确认申报。 然后填写《企业基础信息表》、《企业所得税年度纳税申报表》(A类)、《一般企业收入明细表》、《一般企业成本支出明细表》、《期间费用明细表》、《纳税调整项目明细表》，保存后风险审核点击确认申报。 稍后再次登录平台可查看申报状态，首页显示“申报成功”即表示完成了本期申报。 另外，如果合作社需要开增值税普通发票，可到有关业务点购买金税盘，带发票专用章和其他公章在大厅国税窗口认证后购买发票。最好三证合一后再刻发票专用章，以免重复刻章。