首先穿行测试和内部控制测试的目的是不一样的，穿行测试是为了了解和评估内部控制，控制测试是为了测试控制执行的有效性，其次穿行测试通常只测试一笔，而内部控制测试取决于注册会计师的职业判断，需考虑交易发生的频率、拟信赖的控制时间长度、预期偏差、其他审计证据、审计证据可靠性和相关性等因素，穿行测试是必须执行的，而控制测试不是必须的。他们的共同点在于，都是测试内部控制，测试的依据都是内部控制范围，穿行测试可能为控制测试提供审计证据，实务中通常通过穿行测试识别出控制点，在控制测试中针对这些控制点执行控制运行有效性的测试。 穿行测试的结果也可被控制测试所利用，即起到所谓的“双重测试”的作用。