一般纳税人快递行业遇到总部开票金额大于公司开给总部发票金额时，处理方法如下： 核对内容：核对发票业务事项、金额计算是否准确。 确认原因：分析是业务量、费用分摊还是开票时间差异等原因导致。 账务处理：按总部发票确认成本和应付账款，按公司发票确认收入和应收账款，根据差异情况后续调整。 沟通协调：财务与公司业务部门沟通，同时与总部相关部门联系，核对数据协商解决方案。