我们是一家物流公司的一级网点，我们及下面二级网点都要向总部系统充值。二级网点的系统充值是要把钱转给我们，我们再转给总部。总部只跟我们一级网点对接，税票也是全部开给我们一级网点。但总部开给我们的进项票是按实际业务成本开票，不是按充值金额开票，这就导致我们的进项大于转给总部的款。我们充值，做预付款，总部开给我们的票导致我们预付款挂大量金额为贷款。我们给总部开票也是按系统中的实际收入金额来开，导致我们的预收账款挂大量金额为借方。应该如何处理？