小规模纳税人应交增值税的三级科目包括应交增值税、进项税额和销项税额。

在会计账簿中，应交增值税应当记在负债类科目中，一般记在“应付税费”科目下。进项税额和销项税额应当分别记在资产类科目和负债类科目中。具体操作如下：
1. 应交增值税的核算
应交增值税的计算公式为：应交增值税=销项税额-进项税额。因此，在每个会计期间结束时，需要计算应交增值税的金额，并在会计账簿中记录。
应交增值税的记账分录如下：
借：应交增值税
贷：进项税额
贷：销项税额
2. 进项税额的核算

进项税额是小规模纳税人从供应商处购买货物或接受服务时支付的增值税，应当记在资产类科目中。

进项税额的记账分录如下：

借：增值税进项
贷：银行存款或应付账款

3. 销项税额的核算

销项税额是小规模纳税人向客户销售货物或提供服务时收取的增值税，应当记在负债类科目中。

销项税额的记账分录如下：

借：银行存款或应收账款
贷：增值税销项