补付工程款会计分录中的借贷方分别代表以下意义：

借：补付工程款的金额，表示企业向工程承包商支付的资金。

贷：应付账款的金额，表示企业应该向工程承包商支付的资金。在工程款支付的过程中，如果企业在原定工程款金额的基础上需要再次向工程承包商支付资金，则需要通过补付工程款的方式进行。此时，应付账款的金额会增加，因此需要在贷方进行记账。