管理会计的多层主体假设是指企业内部存在着多个管理层次，每个层次都有不同的管理目标和决策需求，因此需要采用不同的管理会计手段和方法进行管理。

在应用管理会计的多层主体假设进行企业管理时，可以采取以下措施：
1. 确定管理层次：根据企业的组织结构和管理层次，确定不同的管理层次，并明确每个层次的管理目标和决策需求。
2. 制定管理会计指标：根据不同的管理层次和管理目标，制定相应的管理会计指标，包括财务指标和非财务指标。
3. 应用管理会计方法：根据不同的管理层次和管理会计指标，应用不同的管理会计方法，如成本管理、绩效评价、预算管理等，为管理层提供决策支持。
4. 加强信息共享：不同的管理层次之间需要加强信息共享和沟通，以便更好地协调各层次之间的管理目标和决策需求。
5. 持续改进：企业需要持续改进管理会计的应用，不断优化管理会计指标和方法，以适应不断变化的管理环境和需求。

通过以上措施，企业可以更好地应用管理会计的多层主体假设进行管理，提高管理效率和决策质量，实现企业的可持续发展。