补交的增值税应该按照以下步骤进行账务处理：
1. 记录增值税应交税金科目的借方，记录银行存款科目的贷方，表示企业已经支付了应交增值税。
2. 如果企业在税务部门的要求下，需要补交增值税，那么应该将补交的增值税记录在增值税应交税金科目的借方，表示企业需要再次支付增值税。
3. 如果企业在补交增值税后，税务部门进行了核定或者调整，使企业需要退回一部分增值税，那么应该将退回的增值税记录在银行存款科目的借方，表示企业已经收到了退回的增值税。

综上所述，补交的增值税应该按照实际情况进行借贷记账，以准确反映企业的财务状况。