事业单位融资租赁的会计处理方式与普通租赁的区别主要在于以下几点：
1. 融资租赁的资产在租赁期内计入租赁方的资产负债表，而普通租赁的资产则不计入租赁方的资产负债表。
2. 融资租赁的租金分为利息费用和租赁本金还款，而普通租赁的租金只包含租金费用。
3. 融资租赁的租赁期限一般较长，而普通租赁的租赁期限相对较短。
4. 融资租赁的租赁协议中一般包含了租赁期结束后租赁方可以选择购买资产的条款，而普通租赁则没有这个选项。

因此，事业单位在进行融资租赁时，需要按照上述区别进行会计处理，以确保财务报表的准确性和合规性。