企业可以通过以下几种方式来控制第三方审计费用的支出：
1. 选择合适的审计机构：企业应该选择符合自身规模和业务特点的审计机构，避免选择过于高档的审计机构，以免费用过高。
2. 与审计机构协商费用：企业可以与审计机构协商费用，尽量争取到更优惠的价格。此外，企业还可以要求审计机构提供详细的费用结构和费用预算，以便更好地控制费用。
3. 提供准确、完整的财务信息：企业应该提供准确、完整的财务信息，避免审计机构因为信息不全或不准确而需要额外的工作量，从而增加费用。
4. 做好审计准备工作：企业可以提前做好审计准备工作，包括清理账务、整理文件等，以便审计机构能够更加高效地进行审计工作，减少费用支出。
5. 建立内部审计机构：企业可以建立内部审计机构，对企业内部的财务状况进行审计和监督，减少对第三方审计机构的依赖，从而降低费用支出。