公司固定资产盘亏的计算和确认损失的方法如下：
1. 计算盘亏金额：盘点时发现的实际数量与账面数量不符，即为盘亏数量。盘亏金额 = 盘亏数量 × 单价。
2. 确认损失：根据公司内部控制规定，应该对固定资产进行定期盘点，如果盘点发现盘亏，则应该立即确认固定资产盘亏损失。确认损失的会计分录为：借固定资产盘亏损失账户，贷固定资产账户。
3. 调整账面价值：确认固定资产盘亏损失后，应该在固定资产账户中调整账面价值，以反映实际情况。调整会计分录为：借固定资产折旧累计账户，贷固定资产账户。

需要注意的是，确认固定资产盘亏损失时，应该考虑是否存在保险赔偿、责任追究等情况，以免重复计提损失。同时，应该及时采取措施，查明盘亏原因，加强内部控制，防止类似情况再次发生。