工资计算软件可以通过以下步骤自动计算加班工资：
1. 在工资计算软件中设置加班工资的计算规则，包括加班工资的计算方式、加班时间的计算方法、加班工资的税前税后计算等。
2. 当员工加班时，工资计算软件可以根据员工的加班时间和加班工资的计算规则自动计算加班工资。
3. 工资计算软件可以自动生成员工的工资明细表，包括加班工资的详细信息，如加班时间、加班工资、税前税后计算等。
4. 工资计算软件还可以生成员工的工资单和报表，方便管理人员查看员工的工资情况。

需要注意的是，工资计算软件的设置和使用需要根据公司的实际情况和政策法规进行调整和更新，以确保计算结果的准确性和合法性。