扣除个税的会计分录一般是在工资薪金科目下进行。具体来说，假设某员工工资为10,000元，个人所得税应扣除1,000元，那么会计分录如下：

借：工资薪金 10,000元
贷：应付职工薪酬 9,000元
贷：应交个人所得税 1,000元

其中，应付职工薪酬科目记录的是员工实际应得的工资薪金，而应交个人所得税科目记录的是公司应缴纳的个人所得税。