自然人独资有限公司的纳税申报一般分为以下几个步骤：
1. 登记税务登记证：自然人独资有限公司成立后，需要前往当地税务局申请税务登记证，并按照规定提交相关材料。
2. 缴纳税款：自然人独资有限公司需要根据税务局要求，按照规定的时间和方式缴纳企业所得税、增值税、印花税等各种税款。
3. 填写纳税申报表：自然人独资有限公司需要按照税务局要求，填写并提交各种纳税申报表，如企业所得税年度纳税申报表、增值税纳税申报表等。
4. 税务局审核：税务局会对自然人独资有限公司的纳税申报表进行审核，如发现问题会及时通知企业进行修改。
5. 纳税申报表归档：审核通过后，税务局会将自然人独资有限公司的纳税申报表归档，企业也需要妥善保管相关文件，以备日后查询和备案使用。

需要注意的是，不同地区的税务政策和规定可能会有所不同，自然人独资有限公司在申报纳税时需要仔细了解当地的具体要求，并按照规定的时间和方式进行申报。