1、出资人不同 有限责任公司自然人独资只能由自然人出资设立，而一人有限公司可以由自然人出资设立或者法人出资设立。 2、资格不同 有限责任公司自然人独资企业属于非法人组织的企业，不具有法人资格，而一人公司作为公司的一种，在公司成立的时候就可以取得法人资格。 3、责任不同 有限责任公司自然人独资企业对企业的债务要承担无限责任，而一人有限公司的投资人仅以出资额对公司负责，即负有限责任。