自然人独资有限公司是指由自然人投资设立的有限责任公司，其所有者为自然人，公司独立承担债务，所有者对公司的债务承担有限责任。根据国家税务总局的规定，自然人独资有限公司应当按照增值税一般纳税人的规定缴纳增值税。

自然人独资有限公司的纳税人身份是企业，其从事的经营活动符合增值税的征税范围，应当按照国家有关规定缴纳增值税。自然人独资有限公司的增值税纳税方式主要有两种：一是一般纳税人，二是小规模纳税人。

一般纳税人是指年销售额超过500万元的企业，其应当按照增值税一般纳税人的规定进行纳税。小规模纳税人是指年销售额不超过500万元的企业，其可以选择按照增值税小规模纳税人的规定进行纳税。

因此，自然人独资有限公司应当按照国家有关规定缴纳增值税，具体纳税方式可以根据企业的实际情况选择一般纳税人或小规模纳税人。