工程结算科目的核算方法主要有以下几种：
1. 百分比完工法：按照工程完成的百分比来核算工程结算科目，即按照工程进度来确认收入和成本。
2. 完工合同法：在工程完工后，根据合同约定的价格和成本来核算工程结算科目。
3. 部分完工合同法：在工程未完全完成前，根据已完成的工程量来核算工程结算科目，而未完成的工程量则按照百分比完工法来核算。
4. 工程量清单法：按照工程量清单来核算工程结算科目，即根据工程量清单中的工程量和单价来计算收入和成本。
5. 综合成本法：按照工程的实际成本来核算工程结算科目，包括直接成本、间接成本和管理费用等。

以上是工程结算科目的主要核算方法，不同的核算方法适用于不同的工程类型和合同约定，会计师需要根据实际情况进行选择和应用。