企业所得税汇算清缴是指企业在一定时期内按照法律规定计算应纳企业所得税的过程，包括核算应纳税所得额、计算应纳税额、抵扣已预缴税款等。在企业所得税汇算清缴中，预缴款项的处理方法如下：
1. 预缴款项抵扣：企业在汇算清缴时，可以将已经预缴的企业所得税款项抵扣应纳税额。如果预缴款项大于应纳税额，则可以退还多余的预缴款项。
2. 预缴款项结转：企业在汇算清缴时，可以将已经预缴的企业所得税款项结转到下一纳税期。结转后的预缴款项可以抵扣下一期的企业所得税应纳税额。

需要注意的是，企业在汇算清缴时，应当提供预缴税款证明等相关证明材料，以便税务机关核实企业的预缴款项是否真实有效。