建筑施工企业在处理工程施工中的间接费用和管理费用时，可以采用以下几种方式：
1. 分摊法：将间接费用和管理费用按照一定的比例分摊到每个工程中，以便更准确地反映每个工程的成本。
2. 直接成本法：将间接费用和管理费用直接归入施工成本中，这种方法适用于间接费用和管理费用比较低的情况。
3. 差额计算法：将工程总成本减去直接成本，得到的差额就是间接费用和管理费用的总和，然后再按照一定的比例分摊到每个工程中。
4. 综合成本法：将间接费用和管理费用按照一定的比例分摊到每个工程中，并且将其与直接成本合并计算，得到的结果就是每个工程的综合成本。

在实际操作中，建筑施工企业可以根据自身的情况选择合适的方法来处理工程施工中的间接费用和管理费用，以便更好地控制成本，提高盈利能力。