纳税人转让不动产时，如果发票和其他能证明契税计税金额的完税凭证等资料均有保留，在计算增值税时，是按发票金额进行差额扣除，还是按契税完税凭证所载计税金额扣除？
根据《国家税务总局关于纳税人转让不动产缴纳增值税差额扣除有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第73号）第三条规定，纳税人同时保留取得不动产时的发票和其他能证明契税计税金额的完税凭证等资料的，应当凭发票进行差额扣除。
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