企业合并，个人股东是否缴纳个税？

《宁波市地方税务局个人所得税热点政策问答（2014年第1期）》
13.问：甲企业吸收合并乙企业，企业所得税处理符合特殊性重组的条件。其中乙企业股东全部为自然人，合并后乙企业的自然人股东按照净资产公允价值的比例持有合并后企业的股权。请问合并之前乙企业的留存收益是否需要缴纳个人所得税？
答：对甲企业吸收合并乙企业，如企业所得税处理符合特殊性重组条件，乙企业自然人股东所取得甲企业股权按历史成本计价的，暂不征收个人所得税。
如不符合上述条件的，对乙企业自然人股东应按“财产转让所得”项目征收个人所得税。

《大连市地方税务局关于加强企业注销和重组自然人股东个人所得税管理的通知》（大地税函[2009]212号）
二、企业合并的管理
　　企业合并，被合并企业应当按照清算进行所得税处理，其自然人股东的个人所得税管理按照本通知第一条规定执行。
对按照《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）规定，企业合并选择特殊性税务处理的，以被合并企业合并前的企业期末留存收益、资本公积和非股权支付对应清算所得和损失之和，按股东所占股份比例计算的部分确认为应纳税所得额，计算征收“利息、股息、红利所得”项目个人所得税，应纳税所得额=[企业期末留存收益+企业期末资本公积+（被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）]×股东所占股份比例。

对于企业合并，自然人股东取得合并企业支付的股权对价，是否征收个税存在争议。实务中，建议自然人股东与当地主管税务机关沟通避免税务风险。
如适用征收个税，是否适用《财政部 国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》（财税〔2015〕41号）规定的递延5年纳税的规定？
《财政部 国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》（财税〔2015〕41号）第一条、个人以非货币性资产投资，属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得，应按照“财产转让所得”项目，依法计算缴纳个人所得税。
第三条、个人应在发生上述应税行为的次月15日内向主管税务机关申报纳税。纳税人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内（含）分期缴纳个人所得税。
分析：适用企业所得税特殊性税务处理的企业合并中，如被合并企业的自然人股东取得的对价为合并企业支付的股权或者是同一控制下不支付对价的，本质上是自然人股东换了一种投资形式，即自然人股东以放弃被合并企业的股权，取得了合并企业的股权，不属于股权转让，也不属于以被合并企业的股权投资到合并企业。因此，个人观点：适用特殊性税务处理的企业合并，被合并企业的自然人股东取得合并企业支付的股权，如适用征收个税政策，不可以适用财税〔2015〕41号规定的个税递延纳税优惠政策。实务中，建议和主管税务机关沟通确定是否适用财税〔2015〕41号规定的个税递延纳税优惠政策。