1、设立方式不同。子公司一般由两个以上股东发起设立，是独立的法人，独立承担民事责任，在其自身经营范围内独立开展各种业务活动；分公司由总公司在其住所地之外向当地工商部门依法设立，设立时不要求注册资金，属于总公司的分支机构，虽然也可以独立开展业务活动，但应在公司授权范围内进行。一般而言，这种授权以申请设立分公司的方式为表现。也就是说，在工商部门申请设立分公司，就视为公司授权分公司开展公司经营范围以内的活动。分公司的经营范围不能超过总公司的经营范围。
2、工商登记方式和名称不同。子公司在工商部门领取《企业法人营业执照》；分公司则领取《营业执照》。企业的名称上，也有很大不同。子公司的名称最后都是“××公司”；分公司的名称最后都是“××公司××分公司”。
3、诉讼中的法律效果不同。子公司由于是独立法人，只能就其自身资产承担民事责任，除出资人（即子公司的各股东）出资不实或出资后抽逃资金的情况之外，不能清偿的部分不能向出资人追偿；而分公司不是独立法人，业务开展过程中出现不能履行债务的情形时，债权人可以要求总公司承担清偿义务。在诉讼中，可以直接把总公司列为共同被告要求承担责任。
4、承担债务的方式不同。子公司股东仅以出资额为限对公司债务承担有限责任，分公司则先以自有资产承担，不足部分由总公司承担连带责任。
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