（1）会计核算基础以收付实现制为主。行政单位会计核算以收付实现制为基础；事业单位会计核算一般采用收付实现制，但经营性收支业务核算可以采用权责发生制。企业以权责发生制为基础进行会计确认、计量和报告。
（2）会计要素分为五大类。行政事业单位会计要素分为五大类。即资产、负债、净资产、收入和支出。其会计等式为：资产＝负债＋净资产，资产＋支出＝负债＋净资产＋收入。企业会计要素包括资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润。
（3）某些具体业务的会计核算不同于企业会计。比如固定资产不计提折旧，购入固定资产记录“双分录”（即借记“事业支出”等科目，贷记“银行存款”等科目，同时借记“固定资产”科目，贷记“固定基金”科目）等。
（4）会计报表较为简单，主要包括资产负债表和收入支出表。由于行政事业单位一般在月末不结账，其资产负债表月报的平衡等式通常为“资产＋支出＝负债＋净资产＋收入”，这是不同于企业资产负债表之处。行政事业单位收付实现制下的收入支出表，也与权责发生制下的企业利润表存在显著差异。
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