在企业所得税汇算清缴审核以及财税顾问等执业过程中，发现很多公司存在一些共性的内部控制不完善，会计核算不规范、潜在税务风险较大，财务管理不健全等问题。在此进行分析列示，希望引起大家关注（下述主要基于企业会计制度介绍，如果执行新企业会计准则，相关科目名称则存在变动，如应交税金、其他应交款应改为应交税费，应付工资、应付福利费改为应付职工薪酬，技术开发费应改为研发支出等，敬请留意）。
一、企业所得税
1. 公司出资购买房屋、汽车等，但权利人却为股东或个人，而不是付出资金的单位，有些单位仍照提折旧，依税法，该固定资产的折旧及相关的保险费用不可以在企业所得税前扣除，因此从节税的角度来看，产权在公司名下是有利的。
2. 某些外资企业仍按工资总额的一定比例计提职工福利费列入有关成本费用科目，依税法规定，外资企业不可以在企业所得税前计提职工福利费，而应据实列支入相关成本费用，且如实际支出超过工资总额的14%，应做企业所得税纳税调增（注：新企业所得税法已无职工福利费、职工教育经费计提的规定）。
3. 未成立工会组织的、未取得工会组织开具的工会经费拨缴款专用单据的，仍按工资总额的一定比例计提工会经费，该项计提不可以在企业所得税前扣除。
4. 不按照税法规定的最低年限和净残值率标准计提固定资产折旧，在申报企业所得税时又未做纳税调整，有的公司存在跨纳税年度补提折旧(根据相关税法的规定，以前年度应计而未计的成本费用不得补计)，建议大家在通常情况下，尽可能依据税法规定的折旧年限和残值率计提折旧，以免增加纳税调整的工作量或因工作失误造成损失。
5. 生产性企业在计算生产成本时，记账凭证后未附料、工、费耗用清单，无成本计算依据，给人以胡拼乱凑做假账之嫌。
6. 开办费在开业的当年全额计入当期管理费用而未做相应的纳税调增，以后年度也未做纳税调减，依税法应从开业的次月起分五年平均摊销（注：新企业所得税法暂未见明确规定）。
7. 未按权责发生制的原则，为了人为地减少企业所得税税负，没有依据的随意计提期间费用，或在年末预提无合理依据的费用，税局可能不会认可。
8. 员工以发票定额报销，或采用过期票、连号票或税法限额（如餐票等）报销的发票虚假报销。造成这些费用不能税前列支的可能。
9. 有些公司长期经营且规模越做越大，但却又人为地长期做亏损，违反常理，易被税局检查或核定征收企业所得税，可能更不划算。
二、增值税
1. 增值税的核算不规范，未按规定进行相关明细核算，如一般纳税人未设置“未交增值税”科目核算应交而未交及多缴的税额；或对留抵税额也通过“未交增值税”科目核算，出口退税通过所谓的“补贴收入”科目核算等等，造成增值税核算混乱，建议有必要看看关于中级或注会考试关于增值税的核算，因为很多人没能弄清楚这一块。
2. 运用“发出商品”科目核算发出的存货，引起缴纳增值税时间上的混乱，按照增值税条例规定，如采取直接销售收款方式，商品（产品）发出后，即负有纳税义务（不论是否开具发票）。
3. 行政管理部门等领用原材料、非正常损耗原材料，原材料所负担的进项税额并没有做转出处理，领用的产成品亦未视同销售处理。
4. 销售废料，没有计提并缴纳增值税。
5. 对外捐赠原材料、产成品未计提相应的销项税额。
6. 为降低税负，有些企业接受虚开增值税专用发票用于进项抵扣。对会计人员来说，虚开及接受虚开增值税专用发票可能构成严重的刑事犯罪。
7. 一般纳税人每月的税负率恒定，企业本意往往是希望人为控制税负水平或为了不引起税务局对异常申报的关注，而实际上正说明了“此地无银三百两”，因为通常进货与销售并不会同步，每月的税负率出现适当波动才是正常的。
8. 取得的增值税专用发票的开具方与收款人不一致，依规定如果收款人与发票开具方不一致，不可以抵扣增值税进项税额。
9. 小规模纳税人达到规定的销售额时，可能会被强制认定为一般纳税人，因此，企业应做好相关准备。尤其是快要达到规定销售额时，不宜保留太多存货，否则被强制认定一般纳税人后，该项存货销售时须按17%等税率，进项却没有抵扣，不划算。一般纳税人转正时，通常是半年就需要达到100万（工业）或180万（商业）的销售额，否则，难以转正。
三、其他税种
1. 成本费用中公司费用与股东个人消费混杂在一起不能划分清楚，按照《个人所得税法》及国家税务总局的有关规定，上述事项视同为股东从公司分得股利，必须代扣代缴个人所得税，相关费用不得计入公司成本费用。
2. 在以现金方式支付员工工资时，无员工签领确认的工资单；或虽有签字，皆为同一人笔迹；或公司员工的工资上限都人为控制在个人所得税的扣税标准左右或以内，给人以假账嫌疑。
3. 很多公司财务人员忽视印花税的申报（如实收资本及资本公积的印花税、会计账簿的印花税等）。
4. 一些公司财务人员忽视了房产税的申报，关联方提供办公场地、生产场地给企业使用，未按规定申报房产税，在税务稽查时会带来补税、罚款及加收滞纳金的风险。
5. 将应由出租公司承担的税金在本公司列支，计税依据被降低，变向偷逃了营业税等，也不可以在企业所得税前列支。
6. 免抵退生产企业未按照当期免抵税额计缴城建税及教育费附加。
7. 公司可以向税局申请返还最近三年代扣代缴个人所得税纳税总额2%的代扣代缴手续费，且用于办税人员的开支可免个人所得税，不少代扣代缴个人所得税较多的公司未及时办理返还手续，造成损失。
8. 新认定的高新技术企业在三年内，缴纳的增值税比上年度增长部分，可以申请返还地方财政分成的一半（即缴纳增值税的增量部分12.5%），不少企业未及时办理。
9. 股东个人的股票投资以公司名义进行，如果出现收益，将额外增加企业所得税税负及由此产生的利润分红所导致的个人所得税税负，不划算。
10. 公司终止经营时，不办理税务注销，该公司法定代表人和股东将上黑名单，今后如在广东省再设立公司等，须处理完遗留事情后方可办理。
四、会计核算等
1. 出纳现金未日清月结，月末未与会计及时对账，不能及时发现是否存在盘盈盘亏等问题和查明原因。
2. 库存现金过多，日常结算大量使用现金，存在潜在的不安全因素和舞弊隐患；库存现金账面出现负数，给人的第一印象就是假账，因为正常情况下，库存现金余额是不太可能出现负数的，一般都是因为挑选部分单据做“外账”时会才会出现这种情况。
3. 会计长期未对出纳经管的现金进行检查，个别出纳利用管理漏洞挪用现金而公司却未能及时发现。
4. 银行账户无必要地开立太多，浪费时间不说，因为银行账户如达不到规定存款金额，很多银行还要收取账户管理费；银行账户无必要地开立在离公司很远或不方便去的地方；外币账户未进行同时反映外币和人民币本位币的复币核算，很多人不了解外汇复币核算的概念和方法。
5. 银行存款余额很大而不进行相关财务安排，如果银行存款余额很多，且暂时无其他投资或使用计划，可根据现金流量预测安排一些不同期限的银行定期存款组合，因为定期存款利率比活期高，且如需提前支取，利率与活期存款利率一致，举手之劳，何乐而不为？
6. 在珠江三角区及广东其他一些地区，不少银行已实现了支票通用，有些仍使用电汇等结算手段，无必要地浪费手续费。
7. 银行回单及对账单长期不取回；银行日记账与银行对账单未定期进行核对；出现未达账项未编制银行存款余额调节表，亦未跟踪处理；存在直接凭银行对账单做账的现象，建议至少在年终结算前，应取回所有银行的回单并及时进行账务处理。建议可将银行对账单附在每期的会计凭证最后装订，以免遗失。
8. 交易发生时，未严格审查客户及借款人的信用，造成应收往来出现坏账的隐患。
9. 应收往来与客户长期不对账；长期不采取措施清收欠款；出现坏账时，长期不处理；对外币计价的往来未进行复币核算。
10. 股东借款数额较大且时间很长未及时结清，依规定，超过一定期限的股东借款视同分红。
11. 坏账损失未及时报经税局审批，造成不能在企业所得税前列支。
12. 收付款项时，对发票的角、分尾数不计，亦不及时进行账务处理，造成往来明细账始终有零星尾差，导致工作量增加或不方便对账，建议最好依发票金额而不要扣减零星的尾数收付款。
13. 编制资产负债表时，重分录错误。正确的应是应收账款对应预收账款，预付账款对应应付账款，其他应收款对应其他应付款，且重分类应根据相关科目和明细来进行，如应收账款中张三公司为借方余额为10000元，李四公司为贷方余额5000元，则资产负债表上应收账款应列示10000元，预收账款列示5000元。
14. 短期投资（如购买股票投资）未及时进行相关投资损益的核算。
15. 存货未设数量金额式明细账，不反映数量核算；生产成本科目未按成本项目设明细账进行核算，制造费用科目期末仍保留有余额。
16. 存货数量未定期与仓库对账，出现差异未及时查明原因更正，未定期进行存货盘点，出现盘盈盘亏及毁损、变质未能及时发现和处理，有些公司损耗率明显偏高未采取措施予以控制。
17. 存货料到单未到时，不进行暂估入账处理，致使期末存货可能出现负数；或虽进行暂估入账，但把相关的进项税额也暂估在内，若该批材料当年耗用，对当年的销售成本将造成影响；或长期未取得相关发票，从而可能被税务局调增应纳税所得额或处罚。
18. 待摊费用未按照受益期间正确摊销，未按项目设置相应的明细账，待摊费用与长期待摊费用的核算范围混淆。
19. 固定资产及累计折旧未进行分类，未按具体的固定资产设立相应的明细账，不能清晰反映每项固定资产的原值和累计折旧，导致在固定资产清理时，难以取得该项固定资产原值及已提折旧的数据，当月增加的固定资产，下月应计提折旧，当月减少的固定资产，应从下月起停止计提折旧。
20. 固定资产清理时，未通过固定资产清理科目核算，亦不转销该固定资产计提的累计折旧，而是直接减计固定资产，造成某项固定资产原值为已为零，但相应的累计折旧明细科目仍有余额。
21. 购买的财务软件未列入无形资产科目核算，摊销年限低于5年。
22. 应付票据和其他货币资金的核算范围混淆。依规定，商业及银行承兑汇票属应付票据科目的核算范围，而银行汇票不属于应付票据的核算范围。
23. 预收账款余额很大，原因往往是应确认收入而未确认收入，容易引起税局的关注。
24. 收到营业款项时记入预收账款，然后利用支付现金方式冲销，而实际上该款项的性质是收入，这是典型的假账手法，较易被查处。
25. 计提工资时的分录体现代扣社会保险和个人所得税等项目（如：借：管理费用，贷：应交税金-应交个人所得税，贷：应付工资），而不是在实际发放的分录中处理这些代扣项目，“应付工资”科目的贷方与计入各成本费用中的“工资”明细科目金额不符，不利于统计相关数据和填列企业所得税纳税申报表等有关表格。
26. 计提个人所得税时，通过“其他应收款”而非“应交税金”科目，但同时又通过“应交税金”科目核算个人所得税，不仅无必要地增加工作量，而且容易造成账目混乱，画蛇添足。实际上只需通过“应交税金”科目处理即可。
27. 公司在使用“应付工资”、“应付福利费”科目的同时，有些工资、福利性费用发生时又直接计入成本费用科目中的“工资”明细科目中，核算方法不统一，不利于统计、核对相关数据和填列相关报表。应付工资及应付福利费科目有时甚至出现借方余额。
28. 未设立“应交税金”、“其他应交款”科目，而是在实际缴纳时直接计入“主营业务税金及附加”等科目，不符合权责发生制原则，亦不方便统计相关数据。
29. 填列纳税申报表尤其是一般纳税人申报表时未与会计账务系统核对收入、销项税额、进项税额等有关数据，发生错报时未能及时发现；增值税纳税申报表只填列本期数而不填列累计数，不方便对账和检查。
30. 各应交税金明细科目余额未与实际应纳而未纳税额进行核对；相关纳税凭证未及时取回；未及时发现错误；发现错误后未及时调整。
31. 增值税进项抵扣凭证未及时抵扣；或已认证而当月未抵扣；出口报关单、出口收汇核销单未及时取得，出口销售合同未及时到税务局备案，造成不能抵扣和退税； 因出口单证不齐应转内销处理而未及时转内销处理；有些可取得增值税专用发票的未取得或未抵扣（如生产用的水电费）；一般纳税人向小规模纳税人购买货物时，未要求其向税局代开增值税专用发票用于进项抵扣。
32. 教育费附加也通过“应交税金”科目核算，而未通过“其他应交款”科目核算。
33. 对股东的其他应付款等科目余额很大，而同时存货亦很大，企业账面上则长期亏损，很可能是相当一部分收入未入账，造成存货无出路，外账上流动资金又经常不足，因此经常需要从内账调资金入外账，造成其他应付款也越来越大，这是典型的假账。稍懂常识的税务稽查人员一看报表即可看出问题所在。
34. 一般纳税人的税负长期为零或特别低，容易被当作异常申报而导致税局锁机，致使购买发票困难或税务稽查；或长期出现留抵情况，原因可能是所有的进项都抵扣了，但很多收入由于客户未要发票而不确认收入，值得一提的是，未开发票取得的收入并不意味着就无需计缴税金。
35. 预提费用计提依据不充分，随意性强，如水电费等，应根据水电费单或抄表数计提，而不宜随便估计一个数字。
36. 实收资本未按股东设立明细账；股权发生转让时未进行实收资本明细变动的相关账务处理；一些外资企业注册资本为外币，接受外币投资时，不是按照投入当天银行汇率的中间价折算人民币计入实收资本，而是按结汇汇率折算；或对实收资本科目也进行不必要的复币核算，注意：复币核算的范围应是外币的货币资金及以外汇计价的往来科目，而不包括其他资产及权益科目。
37. 验资时，未设立验资临时账户，而是将投资款直接转入基本账户；以非股东名义转入投资款；投入资本时注明“往来款”等而非“投资款”，造成不能顺利验资。分期出资时，未在公司章程规定的时间内按要求缴足资本金。
38. 弥补亏损后还有盈利时未按规定计提法定盈余公积金；2006年1月1日后，未依照新公司法规定停止计提法定公益金。
39. 不能区分会计报表中的亏损与税法规定的可弥补亏损的区别，由于存在一些调整项目及税法对可弥补年限的限定，会计报表上的亏损与税法规定的可弥补亏损可能是不同的，会计亏损可从会计报表上查得，而税法规定的可弥补的亏损应为税局确认的年度企业所得税纳税申报表中的为负数的应纳税所得额。
40. 当存在出口和内销时，或当存在一般产品及高新技术产品时，主营业务收入和主营业务成本科目未设相应明细进行核算；收入与成本不匹配，某月有收入而无成本，而某月有成本但无收入，给人以假账之嫌。
41. 计算产品（商品）销售成本时，未附销售成本计算表；年度请不要在这里推销软件本结转方法前后不一，有时用加权平均法，有时用先进先出法，有时是人为确定结转成本数额，人为调控成本迹象明显（注：目前已取消后进先出法）。
42. 商品或服务的毛利率与同类行业水平相比严重偏低，或月份间的毛利率忽高忽低，有假账之嫌。
43. 涉及增值税的业务，未将增值税作为价外税处理，而是将其计入主营业务税金及附加等，造成收入少计，主营业务税金及附加等多计。
44. 营业税、增值税等与主营业务收入不匹配，城建税及教育费附加等与相关的流转税计税依据不匹配，与其他业务收入对应的税金等应计入其他业务支出科目。
45. 费用按三栏式而未按多栏式设明细账，可能造成账户中累计数与利润表不符；未统计本月及全年累计数；明细数合计与合计数不符；未与总账和报表进行核对，本月合计或累计数发生错误不能及时发现；工资、福利费等合并在一个明细科目中反映，不便于填列企业所得税纳税申报表等有关报表。
46. 计划申请高新技术企业资格的企业或高新技术企业，对技术开发费用未单列明细科目或升级为一级科目核算，亦未在技术开发费科目项下再列明细进行核算，可能造成高新技术企业申请或年检碰到麻烦。
47. 未按期进行纳税申报；没有业务发生时应进行零申报而未申报；扣税账户余额不足导致不能按期扣缴税款，造成税务罚款和缴纳滞纳金；有些公司的交通违章罚款较多。
48. 财务费用未设明细进行核算，或未进行多栏式明细核算，外币货币资金及以外币计价而产生的往来期末时未结算汇兑损益。
49. 将应列入营业外支出科目的有关支出如罚款、捐赠等列入成本费用科目中核算。
50. 账证、账账、账表、账实未进行核对；账证、账账、账表、账实不符，造成账目核算混乱。
51. 发生错账进行错账更正时，应用红字冲销法而未用红字冲销法，已更正凭证，未在错误凭证上注明“已于某年某月某号凭证更正”，更正凭证的摘要只写“调整”字样，亦未注明“更正某年某月某号凭证某项错误”字样，难以理解错账更正的原因或可能造成重复调账。
52. 利用EXCEL编制相关原始凭证时，因使用公式的原因，可能存在分项数合计与表格中利用加总公式取数的合计数不符，而会计根据此表合计数编制会计分录，根据分项数登记相关明细账，从而可能造成总账与明细账不符，因此建议在用公式计算明细数时，最好用手工将结果再重录一遍，这样即可实现明细数合计与“合计”数相符。
53. 当采用科目汇总表方法核算时，在科目汇总表后面未附计算依据的“丁字账”，有时很不方便对账和查账。
54. 纳税申报表未及时打印出纸质资料，亦未妥善保存，尤其是企业所得税年度纳税申报表，因为这可能导致以后年度的亏损弥补表难以取数。
55. 有些公司规模很小且业务简单，却购买价格昂贵但与公司实际又不相适应的财务软件；有些公司业务很多，很有必要购买财务软件却一直坚持手工核算。
56. 使用财务软件核算时，有些无必要的按月打印纸质会计账簿，而有些则长期一直不打印纸质账簿，有些未采用U盘或移动硬盘等进行双备份。
57. 年度企业所得税汇算清缴存在应补缴税款时，账务处理不规范，有些直接做进本年的所得税，有些甚至做进管理费用，规范的方法应当是通过“以前年度损益调整”科目，借：以前年度损益调整，贷：应交税金，同时借：利润分配，贷：以前年度损益调整，并相应调整上年度的会计报表和本年度资产负债表相应项目的期初数。如果采用的是财务软件，可将原报表另存为一个新的报表，并更名为“XX报表（调整后）”，手工修改相关数字，但注意下年度时，仍应改回采用原报表生成。
58. 会计从业人员的责任心不强，应处理和应解决的问题长期不处理。
59. 有些企业对会计人员专业素质要求太低；企业管理人员在处理涉及财务的相关事项时，不征求会计人员的专业意见；有些选择代理记账人员时只注意比较价格而忽视其所能提供的专业服务质量；聘请中介机构进行审计、税务鉴证时过于草率，造成大量应发现和解决的问题未能及时发现和处理，会计人员得不到专业外援的有力支持。客观地说，优秀的专业人士认真负责的审查，往往是杜绝乱账的最后一道防线。
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