耕地占用税是由国土资源部门征收的。具体来说，根据《中华人民共和国土地管理法》规定，耕地占用税是指非农业用地占用耕地的行为所产生的税费。耕地占用税的征收主体为国土资源主管部门，即国土资源部门。