小微企业是指符合国家规定的小型微利企业，其年应纳税所得额不超过100万元。如果小微企业的企业所得税应纳税额超过300万元，那么应该按照以下步骤计算：
1. 首先，计算小微企业的应纳税所得额，即企业所得额减去减免项目后的金额。
2. 然后，根据小微企业的应纳税所得额，按照适用税率计算应纳税额。
3. 最后，将应纳税额与300万元进行比较，如果应纳税额超过300万元，则需要按照超过部分的税率进行计算，直至计算出最终的企业所得税应纳税额。

需要注意的是，小微企业的税率是20%，超过300万元部分的税率是25%。