土地增值税的税收管理机构是国家税务局。根据《中华人民共和国土地增值税法》规定，国家税务局是负责土地增值税的征收、管理和监督的税务机关。国家税务局负责制定土地增值税的征收政策、管理规定，组织土地增值税的征收工作，开展税收监督和管理工作等。