是的，已经发出商品但不能确认收入的情况会影响企业的现金流量。因为企业已经将商品发出，需要支付相关的成本和费用，这些支出都会对企业的现金流量产生影响。但由于收入尚未确认，因此会导致企业的应收账款增加，从而降低企业的现金流量。此外，如果企业长期存在不能确认收入的情况，也会导致企业的经营能力和信誉受到影响，从而影响企业的未来现金流量。