在处理已经发出商品但不能确认收入的情况时，需要注意以下几个问题：
1.确认收入的时间点：在确定收入确认时间时，需要根据公司的会计政策和相关会计准则来确定，通常是在商品交付给客户、客户已经接受商品，且收款风险已经转移给客户时确认收入。
2.风险转移的证据：需要确认风险转移的证据，例如合同条款、物流单据、收据等，以证明商品已经交付给客户，并且客户已经接受商品。
3.收款的时间点：通常情况下，确认收入的时间点应该与收款的时间点相同。但是，在一些特殊情况下，例如长期合同或者分期收款等情况下，确认收入的时间点可能会与收款的时间点有所不同。
4.已发出商品的成本：需要确认已发出商品的成本，并将其计入成本，以便计算利润。
5.披露：需要在财务报表中披露相关信息，例如未确认收入的金额、确认收入的时间点、风险转移的证据等。