进口货物增值税应纳税额的计算中需要注意以下几个问题：
1. 税率问题：根据国家规定，进口货物增值税的税率为13%或9%，具体税率根据货物的类别而定。
2. 税基问题：进口货物增值税的税基是货物的完税价格，即货物的价值加上关税、消费税和其他应纳税费用。
3. 税前扣除问题：进口货物增值税的应纳税额可以在税前扣除关税、消费税等其他应纳税费用。
4. 税收优惠问题：根据国家政策，一些进口货物可以享受税收优惠政策，如对进口设备和技术的增值税可以按照6%的税率征收。
5. 纳税申报问题：进口货物增值税的纳税申报需要按照国家规定的时间和程序进行，如按月或按季度进行纳税申报。