增值税发票是企业报销增值税的重要凭证，如果遗失了，企业需要及时采取措施进行处理。具体处理方法如下：
1. 企业应当在发票遗失后第一时间联系销售方，要求销售方重新开具发票。
2. 如果销售方无法重新开具发票，企业需要向税务机关申请补开增值税专用发票。
3. 企业需要向税务机关提交申请补开增值税专用发票的申请表，同时提供相关证明材料，如购货凭证、销售方营业执照、税务登记证等。
4. 税务机关审核后，可以补开增值税专用发票，并在发票上注明“补开发票”字样。
5. 企业在报销时，应当注明该笔费用是补开的增值税专用发票，并提供补开发票的相关证明材料。

需要注意的是，企业应当严格遵守税务机关的规定，如实提供相关证明材料，避免出现虚开发票等违法行为。