在委托加工物资的成本计算中，如果存在工序损耗，应该按照以下步骤处理：
1. 首先确定加工损耗率，即原材料加工后的损耗率。
2. 计算出加工损耗量，即原材料数量乘以加工损耗率。
3. 将加工损耗量分摊到产品的成本中，即将加工损耗量按照产品的生产量分摊到每个产品的成本中。
4. 最后将每个产品的成本加上加工费用，即为最终的成本。

例如，假设原材料数量为1000公斤，加工损耗率为5%，生产出的产品数量为900公斤，加工费用为1000元。则加工损耗量为50公斤（1000公斤 x 5%），每个产品的成本为（1000元+50公斤/900公斤）= 105.56元。