在委托加工物资的成本计算中，材料损耗可以按照以下两种方法进行处理：
1. 按照实际损耗计算：按照加工商提供的原材料损耗率计算材料的实际损耗量，并将其计入加工费用中。
2. 按照固定损耗率计算：按照一定的固定损耗率计算材料的损耗量，并将其计入加工费用中。固定损耗率可以根据历史数据或经验进行估算，一般情况下在5%~10%之间。

无论采用哪种方法，都需要在委托加工合同中明确规定材料损耗的处理方法和比例，并在实际操作中进行监控和核对，以确保计算的成本准确无误。