预算单位零余额账户的资金来源主要包括以下几个方面：
1. 预算拨款：预算拨款是指政府按照年度预算法规定，向各级预算单位拨付的资金。预算拨款是预算单位零余额账户的主要资金来源之一。
2. 资金收入：预算单位可能会通过各种途径收入资金，如税收、收费、罚款等。这些资金也可以成为预算单位零余额账户的资金来源。
3. 借款：在资金不足的情况下，预算单位可以通过向银行等金融机构借款来解决资金缺口。借款所得的资金也可以成为预算单位零余额账户的资金来源。
4. 其他资金：预算单位还可能通过其他途径获得资金，如政府补助、捐赠等。这些资金也可以成为预算单位零余额账户的资金来源。