你好！根据《安全生产法》的相关规定，企业主要负责人对本企业的安全生产工作全面负责，包括安全投入责任。对于发生生产安全事故的企业，应进行相应的处罚。 1. **安全投入责任**： - 甲作为个人独资企业的投资者和实际控制人，应当对企业的安全投入负主要责任。 2. **事故处罚**： - 根据事故的严重程度（2人死亡，1人重伤，直接经济损失1000万元），属于特别重大事故。 - 依据《安全生产法》，对于特别重大事故，应对企业处以罚款，并对主要负责人进行经济处罚。 具体分析选项： A. 对乙处上一年年收入30%的罚款,对该企业处50万元的罚款 - 不符合规定，因为乙是总经理，不是企业的实际控制人和主要负责人。 B. 对甲处上一年年收入40%的罚款,对该企业处100万元的罚款 - 符合对主要负责人进行经济处罚的要求，但未明确具体的罚款金额范围。 C. 对甲处2万元以上20万元以下的罚款,对该企业处100万元的罚款 - 符合规定，明确了对甲的罚款范围，并符合对企业的处罚标准。 D. 对乙处上一年年收入30%的罚款,对该企业处100万元的罚款 - 不符合规定，乙作为总经理，不应承担主要责任。 综上所述，正确答案是： C. 对甲处2万元以上20万元以下的罚款,对该企业处100万元的罚款