事业单位主要使用的两大核算系统是： 1.政府会计准则体系：政府会计准则体系是专门针对政府和事业单位的会计核算标准，它包括基本准则和具体准则。这些准则规定了政府和事业单位在会计核算中应遵循的基本原则、会计政策选择、会计要素的确认、计量和报告等。政府会计准则体系的目的是确保政府和事业单位的会计信息真实、准确、完整，以满足预算管理和财务监督的需要。 2.行政事业单位会计制度：行政事业单位会计制度是一套适用于中国各级行政事业单位的会计核算规范，它由财政部制定和发布。该制度包括了一系列关于资产、负债、净资产、收入和支出等方面的具体会计处理规定和会计报表格式。行政事业单位会计制度强调了预算执行和财务收支的规范性，以及对国有资产的管理。